Ciao,
scusa il ritardo ma mi era sfuggito il messaggio.

Dunque, tutto è possibile, ma per fare queste modifiche dovrai fare un po’ di prove…

In linea di massima prova così:
<div id="header" style="height: <?php echo get_custom_header()->height; ?>px; background: url(<?php header_image(); ?>);color:#<?php header_textcolor(); ?>;">
diventa:

<div id="header" style="color:#<?php header_textcolor(); ?>;">
<?php 
    echo do_shortcode("[metaslider id=9457]"); 
?>