Ciao,
il plugin sfrutta le funzionalità native di WordPress, quindi puoi utilizzare un child theme definendo appositi file:

archive-{post_type}.php
single-{post_type}.php

Cfr.
codex.wordpress.org/Post_Type_Templates
developer.wordpress.org/themes/basics/template-hierarchy

Quindi nel nostro caso dovrebbero essere:

archive-taxonomy.php (archivio delle sezioni)
archive-amm-trasparente.php (archivio del custom post type – ovvero la lista di tutti i documenti)
single-amm-trasparente.php (visualizzazione singola delle voci)

• Questa risposta è stata modificata 8 anni, 7 mesi fa da Marco Milesi.